神代の昔、本殿の背後北北西に位置する秀峰・神山に御降臨になり、第40代 天武天皇の御代・白鳳６年（678）には、、山背國により加茂神社が造営され、現在までほとんど変容することのない御社殿の基が築かれました。
第50代桓武天皇による平安京遷都以降は、皇城鎮護の神・山城国一之宮として歴代の天皇が行幸・奉幣祈願され、明治時代以降大東亜戦争終戦まで伊勢の神宮に次いで全国神社のなかでも官幣大社の筆頭となりました。
古より皇族はもとより、貴族、武家の社参相続き、現在も多くの人々に崇敬されています。
平成６年には２３万坪の境内全域が「古都・京都の文化財」の―つとして世界文化遺産に登録されました。